历史研究所成立于1956年，名称“云南省少数民族社会历史研究所”，与全国人民代表大会民族委员会云南少数民族社会历史调查组一起办公，地点设在昆明翠湖东路12号。1962年，该所与云南大学“中国科学院昆明分院云南历史研究所”合并，定名“云南省历史研究所”，下设民族研究室、东南亚研究室、云南地方史研究室、办公室、图书室。“文革”中，科研工作被迫停顿。1972年得到恢复，省委宣传部代管。1980年云南省社会科学院成立，历史所划属社科院领导。1981年之后析出东南亚研究所、民族学研究所、宗教研究所。1992年原文献研究室更名为文献研究所。2006年，历史研究所和文献研究所合并，一套人马，两块牌子。

　　云南省少数民族社会历史研究所应云南少数民族社会历史调查之运而生，参与少数民族社会历史调查也就成为云南省民族研究所的主要任务和中心工作。除了少数民族社会历史调查研究以外，云南地方史和东南亚一直是云南省历史研究所的工作重点，由此也形成了云南省历史研究所的三大研究领域，奠定了云南社会科学研究的重点与核心。

　　历史研究所自成立至今，始终坚持自身“与省情相符合的民族地方特色”、“传统研究方法与实地考察相结合”以及“在史学中具有适度的交叉性学科因素存在”的特点。1978年，历史所就明确提出当时的科研重点是恢复和发展对各民族历史和地方史的研究，进一步阐明云南各民族在祖国大家庭中团结爱国、开发和保卫边疆的贡献，总结边疆各民族人民在党的领导下从各个不同的历史发展阶段跨越若干世纪过渡到社会主义的丰富经验。即使在世界巨变、经济全球化的今天，这一研究课题仍具有广泛的现实意义。

　　1990年代初期，历史所人员结构发生重大变化，云南近代史研究的前辈学者陆续退休，剩下的和新进的科研人员，研究方向趋向多元化。倡导云南地方史与文献、文化史、科技史、现实行动研究等多学科兼容并蓄，协调发展。既保证原有基础性研究的地位，又在行动性研究方面开拓了新的领域，科研呈现各领风骚，多元并进的新气象，出版了许多在国际国内学术领域颇有分量的成果。表现在云南文献整理、云南地方史(海关、历史人物、商会、对外关系、城镇)研究、宗教史(藏族信仰、寺庙文化、阿吒力教)研究、民族(少数民族科技史、跨境民族、苗族和未定族称人群、茶文化、少数民族地区生态环境保护、民族关系)研究。尤其是近十年间，科研人员放眼世界，立足现实，积极投身行动性和应用性研究大潮中。在“文化保护与社区教育”、“社会性别与参与性行动研究”、“社会文化与艾滋病防治研究”、“云南境外毒品替代发展”等现实研究中，做出了突出的贡献。

　　历任所长(主持工作副所长)：

　　历史所(1956-2006年)：孙玉亭、侯方岳、刘克光、谢本书、荆德新、段玉明、郭净、颜恩泉。

　　文献所(1982-2006年)：吴锐、施之厚、李春龙、王文成、刘景毛。

　　2006年历史、文献所合并后：胡华生。

　　2009-2012年、杜娟、刘景毛、李吉星。

　　2013年- 杜娟、康春华、刘欣

　　联系电话：0871—4142971、0871-4154727