宗教研究所自成立以来，承担了国家重大项目研究多个，接受省级有关部门委托，完成多项应用课题的研究，主要：中美合作课题《白族佛教历史资料及民间宗教信仰研究》（候冲，1997年）；国家社科项目《云南阿吒力教经典研究》（2002，候冲）；国家社科项目《云南道教碑刻辑录》（2007，萧霁虹）；国家民委课题《境外文化与宗教对南部边疆发展稳定的影响》（2008，萧霁虹）；此外还完成云南省社科规划课题和有关部门委托项目20多个。